VPSサーバーではSFTPとSCPに対応していますので、よりセキュアなファイル転送が行えます。

通常のFTP接続ではログイン時のIDとパスワードはネットワーク上をそのまま通信します。

SFTPとSCPではSSH機能によりログイン情報から転送するファイルデータまで全てが暗号化されて通信します。

SFTPはSSHサーバー経由でSFTPサーバーに接続するのに対して、SCPはSSHサーバーのコマンドとして動作する違いがあります。

Windowsで利用できる代表的なクライアントソフトでは「WinSCP」が有名です。WinSCPはSFTPとSCPの両プロトコルに対応し、設定の切替が用意に行えます。