独自認証SSLは、独自ドメイン名のURLのまま、SSLのデータ暗号化機能が利用できるものです。
共用認証SSLと独自認証SSLのURLの違いは以下のとおりです。

独自認証SSLの設定

独自認証SSLを利用するには、SSL証明書を発行する電子認証業者と契約し、SSL証明書をサーバーにインストールする必要があります。証明書（デジタルID）とは、サイトの運営者に関する情報を利用者に明示し、その正当性を証明する書類です。サイトの運営者がインターネットでの代金決済を行うことの法的根拠ともなります。
弊社のサーバーで独自認証SSLを利用する方法は、以下の3つに分かれます。

方法1） 申請や設定はすべて弊社におまかせ

高い実績を持つグローバルサイン社の独自認証SSLを設定します。
グローバルサイン社への申請から証明書のインストールまで、作業はすべて弊社にて行います。

方法2） 申請はお客さまにて行い、サーバーへの設定は弊社におまかせ

「電子認証業者への申請」と「証明書の取得」はお客さまで行っていただき、「CSRの発行」と「証明書のインストール」を弊社にて代行します。

方法3） 申請や設定はすべてお客さまにて行う

以下を参考に、お客さまにて作業を行ってください。

中間証明書について

SSL証明書の種類によっては、サーバーに「中間証明書」の設置を必要とするものがあります。
RSシリーズ、RSXシリーズでは、一部の電子認証業者の中間証明書をサーバーの上位層に設置しています。